Els microscopis estèreo s’utilitzen àmpliament en la vida diària, principalment en els aspectes següents:
Investigació biològica: En el camp de la biologia, s’utilitzen microscopis estèreo per observar i estudiar l’estructura cel·lular, la morfologia microbiana i les característiques detallades dels teixits animals i vegetals. Per exemple, es pot observar l'estructura de cèl·lules més grans com les cèl·lules epidèrmiques de ceba i les cèl·lules de la planta de l'arrel de la planta.
Investigació mèdica: En l’àmbit mèdic, s’utilitzen microscopis estèreo per a investigacions patològiques per ajudar els metges a observar i diagnosticar els símptomes i els canvis patològics de les malalties. A més, en les operacions quirúrgiques, els microscopis estèreo també s’utilitzen per a l’anàlisi de la secció de teixits per millorar la precisió de la cirurgia.
Recerca en ciències agrícoles: els agrònoms utilitzen microscopis estèreo per estudiar el creixement de les cèl·lules vegetals i els efectes de les malalties i plagues sobre les plantes. Els microscopis estèreo poden observar directament mostres opaces i són adequats per a diverses investigacions en l’àmbit agrícola.
Monitorització i avaluació ambiental: els microscopis estereo poden observar indicadors mediambientals importants com la distribució de petites partícules de contaminants de l’aigua i la reproducció d’organismes nocius al sòl.
Recerca en ciències i enginyeria de materials: en el camp de la ciència i l’enginyeria de materials, s’utilitzen microscopis estèreo per al control de qualitat de la producció i la detecció de defectes del producte i per observar l’estructura superficial i els defectes dels materials.
Identificació forense i treballs de ciències educatives: els treballadors forenses utilitzen microscopis estèreo per examinar proves físiques i analitzar la producció i exhibició de casos docents. A més, els microscopis estèreo també s’utilitzen sovint en treballs de ciències educatives per ajudar els estudiants a comprendre millor el món microscòpic.
Aplicacions industrials: Els microscopis estèreo també s’utilitzen àmpliament a la indústria, com ara soldadura de microcircuit, reparació de rellotges i altres ocasions on es requereix una manipulació fina de mostres. La seva gran distància de treball i la seva profunditat de camp permeten a l'operador realitzar fàcilment una manipulació fina al microscopi.
